破坏人体生物钟。昏暗的睡眠环境和稳定的室温本是利于入睡的条件，但整晚开空调如果温度设置不当或者空调风直吹，可能会让身体在睡眠中不断调整自身状态来适应这种环境变化。比如，当身体感觉过冷时会不自觉收缩血管，易引发寒战等，而这种非自然的体温波动和不舒适感会打断正常睡眠周期。人的生物钟是遵循自然昼夜节律以及相对稳定的体温变化来调节的，空调造成的夜间异常身体反馈会扰乱生物钟的正常运行，时间久了，可能导致失眠、睡眠质量下降等情况，进而影响次日的精神状态和工作学习效率。此外，长期生物钟紊乱还可能对身体的内分泌系统、免疫系统等造成不良影响，增加患病风险。
影响呼吸健康。
空调在开启的时候，一般都会将门窗关闭，导致空气流通性变差，而且空调在开启的时候，空气往往都比较干燥，因此睡觉开空调很容易引起喉咙干、面部干燥不适等症状。
如果空调要是清理不太及时，或者清理不够彻底，里面的微生物含量还会特别多，有可能还会含有病毒、细菌或者霉菌，而人体睡觉的时候免疫力又比较差，就很容易发生呼吸系统感染的情况，因此睡觉开空调的时间也应该适当。